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当时也有一些细胞学家已经做出过分离细胞的工作，克劳德借鉴他们的方法，首先采用低速离心，去掉细胞核;然后把剩下的液体再分离，得到一些颗粒物的沉淀。最后剩下的液体似乎已经没有什么“油水”可捞。在各个实验室他都被倒掉了，而克劳德却将这些液体作为主要材料来研究。他让离心离心机以每分钟18000转的转速运行着，连续几个小时过去后，管底出现了美丽的桃红色胶状沉淀。他把它们命名为“微粒体”。经过分析，发现其中含有较多的RNA。他推测这些“微粒体”可能是细胞质中一种能够自我繁殖的颗粒。其实，细胞中并不存在“微粒体”。尽管如此，很多科学家对“微粒体”进行了的长时间的研究，还是为生物学提供了大量有用和重要的资料。不管怎么说，最重要的是他找到了方法，这就是一直沿用到今天的定性定量分离细胞组分的经典方法。

1943年，克劳德出版了《原生质的构造》一书，从技术上和概念上都开拓了一个新的领域。这时，洛克菲勒大学来了许多年轻人，有些开始与克劳德合作。他的研究力量壮大了。他们测定了分离出的各组分中各种酶的不同含量，把细胞内各种成分的结构、生物化学组成和功能，更紧密地联系起来研究得到了可喜的结果。

曾经在1942年，克劳德应邀到纽约去使用当时那儿唯一的一台电子显微镜。开始他还是观察细胞分离的成分，但不久就把目光转向完整的细胞内部。克劳德发现，体外培养的动物细胞比起平常细胞薄得多，在电子显微镜下更容易看清楚利用体外培养细胞，他首次在细胞内看到了许多细丝和空泡组成的网络;这种网络后来被命名为内置网。是一种重要的细胞器。克劳德还想到，这可能就是他早先命名的“微粒体”的真正来源;内质网在匀浆和离心过程中破碎成小片，小碎片聚集而成小颗粒。但这时的电子显微镜还不能清楚地看到生物的超微结构，因为整个细胞太厚而不能让电子透过。于是，克劳德的注意力便放到把细胞窃成薄片的技术难题上去，并设计了一台超薄的切片机这台机器的工作虽然并不理想，但是它为以后的成功设计奠定了基础。

1974年，克劳德因其细胞组分分离技术以及把细胞结构和功能结合起来研究的方法奠定了现代细胞生物学的基础而获得诺贝尔生理学医学奖。